Кафедра патофизиологии была основана в 1930 году и первоначально располагалась по улице Энгельса, 84 (ныне Махмуда Кашгари). В 1993 году, когда кафедра была объединена с Узбекским государственным медицинским институтом как лечебный факультет, она располагалась в одном из корпусов университета. В 1942 году кафедру перевели в главный корпус медицинского института по улице Фрунзе, 18 (Амира Темура). С 1963 года кафедра располагалась на 3-м этаже морфологического корпуса, на территории клинической больницы им. Ф. Ходжаева по ул. Анкабоя (Житомирская), 6, где и находится до сих пор.
Первым заведующим кафедрой был доцент Фархади Хаким Раимович. Окончив с отличием лечебный факультет МГУ им. И.П.Павлова в 1927 году, работал сотрудником экспериментального труда. С 1929 по 1930 год работал ординатором клиники факультативной терапии Ташкентского медицинского института, а с мая 1930 по 1952 годы был заведующим кафедрой. Под руководством Фархади защищены 4 кандидатские диссертации. Они специализировались по темам «Аллергия и тканевая терапия.»
После Х.Р. Фархади кафедру возглавил доктор медицинских наук Иван Поликарпович Мищинко. В 1922 году был принят ассистентом на кафедру патофизиологии под руководством проф. А.В. Репрева, где защищает диссертацию на тему: «О процессах синтеза и анализа в раковом организме на основе обмена азота». Мищенко И.П. много лет возглавлял экспериментально-биологический центр Украинского научно-исследовательского института радиологии и онкологии. Он автор 107 научных работ, опубликованных на русском, украинском, немецком и французском языках. С 1950 по 1965 год проф. И.П. Мищенко заведовал кафедрой патологической физиологии Самаркандского медицинского института. Под его руководством защищены 3 докторские и 22 кандидатские диссертации.
С октября 1965 года кафедру патофизиологии СамГМИ возглавил профессор Раим Пулатович Пулатов. В 1930 году он поступил в Самаркандский медицинский институт, где в студенческие годы вел активную общественную жизнь, работая первым секретарем комсомольской организации института и работая на кафедре патологической физиологии. В 1939 г. защитил диссертацию на тему «Новый биологический метод диагностики беременности». С 1940 по 1941 год возглавлял Самаркандское областное управление здравоохранения. С 1941 по 1944 год он был директором Ташкентского государственного медицинского института. С 1944 по 1955 год работал врачом-рентгенологом, терапевтом, фтизиатром, дерматологом в Иркутской области. С 1956 по 1957 год работал заместителем главного врача Андижанского областного противотуберкулезного диспансера, а с 1957 по 1960 год был организатором и заведующим кафедрой патофизиологии Андижанского государственного медицинского института. В 1960 г. Р.П. Пулатов был организатором Наманганского филиала Узбекского НИИ фтизиатрии и до 1965 г. был его директором. В октябре 1965 г. возглавил отделение патофизиологии СамГМИ. В январе 1970 года защитил докторскую диссертацию на тему «Материалы для организации санаториев по реабилитации и влиянию трудовых процессов на функциональное состояние некоторых систем у больных туберкулезом легких». В 1973 году он стал профессором патофизиологии. Пулатов Р.П. также работал директором Центральной исследовательской лаборатории (ЦНИЛ) СамГМИ до 1972 года. Основное направление исследований Р.П. Пулатова - модуляция патологии желудочно-кишечного тракта. Под его руководством защищено 11 кандидатских и 2 докторских диссертации, опубликовано более 120 научных работ.
9 октября 1979 г. на базе кафедры патофизиологии были созданы кафедра патофизиологии лечебного факультета (руководитель проф. Пулатов Р.П.) и кафедра патофизиологии педиатрического факультета (проф. О.А. Хусинов). После смерти профессора Р.П. Пулатова обе кафедры патофизиологии факультетов были объединены, и 11 октября 1982 года была создана одна кафедра патофизиологии, которой стал заведовать профессор Хусинов О.А.
Проф. Отабой Авезович Хусинов поступил в СамГМИ в 1950 году, окончил его в 1956 году с отличием и остался в аспирантуре на кафедре патофизиологии. В 1960 году под руководством профессора И.П. Мищенко защитил диссертацию на тему «Морфофункциональные изменения в легких собак при повреждении различных ветвей блуждающего нерва». С 1957 года он также работал ассистентом на кафедре. В 1964 г. получил звание доцента. С 1966 по 1969 год работал старшим научным сотрудником Московского НИИ фтизиатрии. Он защитил докторскую диссертацию на тему «Гормоны надпочечников и эволюция экспериментального кавернозного туберкулеза легких» под руководством профессора И.М. Бондарева и успешно защитил ее в 1972 году. Кандидат медицинских наук с 1973 года, профессор патологической физиологии с 1966 года. С 1979 года он был заведующим кафедрой патофизиологии педиатрического факультета, а затем заведующим кафедрой патофизиологии лечебно-педиатрического факультета. С 1983 по 1985 год институтом одновременно руководил MITL. Участник 4-х международных научных съездов, симпозиумов и конференций. На этих конференциях проф. О.А. Хусинов подробно описывает важнейшие вопросы туберкулеза, характеристику ряда патологических процессов под действием пестицидов (туберкулез легких, туберкулез, репаративная регенерация). В 1990 году награжден Почетной грамотой Республики Узбекистан. Под руководством профессора О.А. Хусинова подготовлено и защищено 13 кандидатских диссертаций и 1 докторская диссертация. В 1983 году О.А. Хусинову удалось провести на базе кафедры III Всесоюзную конференцию нейроэндокринологов, оставившую большой след в жизни и истории института.
С 2012 г. - заведующим кафедрой физиологии и патологической физиологии избран к.м.н., доцент Карабаев Аминжон Гадаевич. Карабаев А.Г. родился в 1962 году в Самаркандской области. В 1990 году окончил Самаркандский государственный медицинский институт. Специальность анестезиолог-реаниматолог. В 1990 году работал ассистентом кафедры патологической физиологии и врачом-реаниматологом в отделении реанимации Самаркандской детской больницы. В 1999 г.он защитил диссертацию на тему «Морфофункциональные изменения гипоталамо-гипофизарно-нейросекреторной системы в процессе умирания и оживления». С 2000 г. работает доцентом кафедры. С 2001 по 2003 год возглавлял Центральный научный центр СамГМИ, работал анестезиологом-реаниматологом в Центре неотложной медицинской помощи. С 2003 по 2005 год работал доцентом кафедры патологической физиологии, с 2005 по 2012 год работал доцентом кафедры физиологии и патологической физиологии. С 2012 по 2017 год заведовал кафедрой нормальной и патологической физиологии. Имеет более 120 научных работ. Автор 12 введений в медицинскую практику, 5 учебников и монографии.
С 2017 года заведующей кафедрой нормальной и патологической физиологии назначена доктор медицинских наук Самиева Гульноза Уткуровна. Самиева Гульноза Уткуровна родилась в 1983 году в Самаркандской области, в 1999 году поступила в СамГМИ, окончила его с отличием в 2006 году и поступила в магистратуру кафедры оториноларингологии. В 2017 году под руководством проф. X.E. Карабаева защитила докторскую диссертацию на тему «Совершенствование комплексной диагностики, лечения и профилактики ларинготрахеита у детей». В 2017 году заведующей кафедрой нормальной и патологической физиологии назначена Самиева Г.У.. Самиева Г.У. проводит большую работу по модернизации педагогического процесса на кафедре.По инициативе Самиевой Г.У. деятельность СНО активизировалась. В последние годы студенты постоянно занимают почетные места в области физиологии и патологической физиологии.По инициативе Самиевой Г.У. внедрение медицинских навыков в преподавании патологической физиологии осуществляется непосредственно на основании договоров с клиникойСамМИ № 1. За последние 3 года коллектив кафедры значительно увеличил подготовку и издание статей, диссертаций, учебников. 3 сотрудника в качестве независимых исследователей начали научные исследования подруководством д.м.н., доц. Самиевой Г.У.. В 2019 учебном году на основании заявления в Министерство Инноваций начался прием в докторантуру по физиологии и патологической физиологии.
В 2020 году, по приказу ученного совета СамМИ кафедра нормальной и патологической физиологии было разделена на «физиологию» и «патологическую физиологию». Проф. Самиева Г.У. стала заведующей кафедрой патологической физиологии.
