ПБиМ 2023 №3,1 (145)
Тема статьи
ИДЕНТИФИКАЦИЯ ЦИРКУЛИРУЮЩИХ ШТАММОВ SARS-CоV-2 МЕТОДОМ ПЦР В РЕЖИМЕ РЕАЛЬНОГО ВРЕМЕНИ (125-127)
Авторы
Ибадуллаева Наргиз Сапиевна, Казакова Евгения Ивановна, Хикматуллаева Азиза Сайдуллаевна, Локтева Любовь Михайловна
Учреждение
Научно-исследовательский институт Вирусологии Республиканского специализированного научно-практического медицинского центра эпидемиологии, микробиологии, инфекционных и паразитарных заболеваний, Республика Узбекистан, г. Ташкент
Аннотация
Определение циркулирующих штаммов SARS-CоV-2 с применением метода ПЦР в режиме реального времени важно для оперативного сбора данных. Для идентификации штаммов SARS-CoV-2 исследованы методом ПЦР назофарингеальные мазки, собранные у 168 пациентов. В апреле-мае 2020 г., выявление дикого штамма SARS-CoV-2 отмечалось в 69,0% случаев, а в июне-августе месяце 2020 г. в 96,4% случаев. Однако спустя 3 месяца после начала пандемии наблюдалась тенденция к увеличению выявления дикого штамма SARS-CoV-2 с мутацией 484Е в 1,4 раза. Применение ПЦР в режиме реального времени может служить инструментом вирусологического мониторинга, обеспечивая оперативное получение данных по динамике распространения вариантов SARS-CoV-2.
Ключевые слова
SARS-CoV-2, COVID-19, ПЦР, мутация, штамм.
Литературы
1. Alisher Abdullaev., Abrorjon Abdurakhimov., Zebinisa Mirakbarova., Shakhnoza Ibragimova., Vladimir Tsoy. et al. Genome sequence diversity of SARS-CoV-2 obtained from clinical samples in Uzbekistan // PLoS One. – 2022. – Vol.17(6): e0270314. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0270314. 2. Antonin Bal., Gregory Destras., Alexandre Gaymard., Karl Stefic., Julien Marlet. et al. Two-step strategy for the identification of SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 and other variants with spike deletion H69–V70, France, August to December 2020 // https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2021.26.3.2100008. 3. Ayubov M.S., Buriev Z.T., Mirzakhmedov M.K., Yusupov A.N., Usmanov D.E., Shermatov S.E. et al. // Profiling of the most reliable mutations from sequenced SARS-CoV-2 genomes scattered in Uzbekistan. PLoS One. - 2022. – Vol.17(3):e0266417. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0266417. 4. European Centre for Disease Prevention and Control, WHO Regional Office for Europe. Methods for the detection and identification of SARS-CoV-2 variants // ECDC and WHO Regional Office for Europe: Stockholm and Copenhagen. - 3 March 2021. – 14 p. 5. Hyun Jin Kim., Seon Young Kim., Gye Cheo Kwon., Qute Choi. Detecting spread of SARS‐CoV‐2 variants using PowerChek SARS‐CoV‐2 S‐gene mutation detection kit // J Clin Lab Anal. – 2022. – Vol. 36(8):e24567. https://doi.org/10.1002/jcla.24567. 6. Johns Hopkins University // Coronavirus resource center. https://coronavirus.jhu.edu/map.html. 7. Karolina Wegrzynska., Magdalena Komiazyk., Jaroslaw Walory., Aleksandra Kozinska., Izabela Wasko., Anna Baraniak. Differentiation of SARS-CoV-2 Variants Using RT-qPCRs by Targeting Recurrent Mutation Sites: A Diagnostic Laboratory Experience from Multi-Center Regional Study, August 2020–December 2021 // Poland. Int. J. Mol. Sci. – 2022. – 23, 9416. https://doi.org/10.3390/ijms23169416. 8. Novel Coronavirus(2019-nCoV): Situation Re-port, 11 // World Health Organisation. 31 January 2020. https://apps.who.int/iris/handle/10665/330776. 9. Stéphanie Haim-Boukobza., Bénédicte Roque-bert., Sabine Trombert-Paolantoni., Emmanuel Lecorche., Laura Verdurme. et al. Detecting Rapid Spread of SARS-CoV-2 Variants, France, January 26 February 16, 2021 // Emerging Infectious Diseases. - Vol. 27, No. 5. - May 2021. – P. 1496-1499.